J'ai également pu constater la même chose sur un semis de citronnier.

C'est un jeune citronnier dont le feuillage n'a jamais vraiment verdi (= resté vert jaune) et qui, même s'il pousse bien à la belle saison, me parait toujours souffreteux. Je me demandais si ce n'était pas génétique et lié à une capacité à mobiliser certains éléments...
J'ai fait pas mal de semis de citronniers et c'est le seul présentant ces tâches sur la face supérieure des feuilles (pas de toutes), et préférentiellement sur le bas de la jeune ramure.
J'avoue ne pas m'être inquiété plus que ça. Ca me paraissait bénin, et comme dit plus haut, ne m'a pas semblé impacter la vitesse de croissance malgré que le feuillage reste très clair.
Sur ce citronnier j'ai aussi eu quelques dégâts de gel et c'est clairement différent. Je pense que cette dernière cause peut-être écartée.
Sur la nutrition, je mets de temps à autre un mélange de corne broyée et de sang séché. Je ne sais pas s'il peut y avoir un rapport. Concernant le substrat, c'est un mélange de terre de jardin, de terreau / compost, additionné d'un peu de broyat grossièrement décomposé. Tous mes semis sont dans ce même mélange et c'est le seul à présenter ces tâches.