Re: Suivi - Glarigno

[clems]

Bonjour à tous,

j'ai pas mal fouillé dans la bibliographie sur les relation entre les Citrus et on trouve des information interessantes:
un article de Nicolosi et al (2000) donne une phylogénie basée sur les chloroplastes (ceux-ci ne sont transmis que par la mère, ca nou donne alors l'ancêtre maternel):
Il obtient trois groupes de Citrus:
(1) C. medica, le cédrat
(2) les mandarines et C. ichangensis
(3) un groupe où Poncirus est cousin d'une part des "petits" papeda (ex: C. hystrix) et des lime; et d'autre part de C. latipes (Khasi papeda) et des pamplemouses, orangers, bigaradier, citronier, etc.
les kumquat et les agrumes australien sont dans deux autres groupes.
Il en conclu que la majorité des agrumes cultivés à pour mère, grand mère, etc, le pamplemouse.
Autre point important, les papedas correspondent en fait à plusieurs choses, on a des papedas "vrai" (hystrix, micrantha, etc.) tropicaux tandis que ichang est cousin des madarines et Khasi des pamplemouses.

Un autre papier de Deng et al (2007) montre que le yuzu à le même ADN que Khasi papeda dans ses chloroplastes: il s'agit donc d'un hybride entre un Khasi papeda (mère) et autre chose... personnellement, je pense à ichang papeda

bonne journée

[jm]

Il y aurait un petit cladiogramme pour se rendre compte ?

[alias]

Il faut quand même savoir que le yuzu (citrus junos) qui est un hybride entre un ichang papeda ( lequel?) et une mandarine cleopatre, existe depuis 3000 ans.

il y a un ichang papeda qui a disparu, et qui a été le géniteur de la plupart des papeda.
Il y a aussi un autre agrume disparu qui a servi a creer le taiwanica, le bigaradier....

Pour etre clair: ? x pomelo = bigarade
? x bigarade = taiwanica

C'est agrume a disparu, il y a 5000 ans.
J'ai plus sous les yeux l'article et le diagramme qui en parle mais c'est complètement fou avec les papeda.

[gaia-project]

Ca me parait bizare que ce soit un hybride avec pomelo. Je pensais que le pomelo était plus recent que cela. A moi que pour toi pomelo ne signifie pas Citrus x paradisii.

[alias]

En fait , il y a un grand dilemme:
quel est le plus vieux: pomelo ou pamplemousse?
est ce que c'est la poule qui a fait l'œuf ou l'œuf qui a fait la poule?

Certain parle du pomelo en premier d'autre donne le pamplemousse, en plus pendant très longtemps personne n'a vraiment fait la différence.
Personnellement, je pense que le pomelo est un hybride de pamplemousse mais des articles d'il y a pres de 100 ans ne faisait pas trop la différence.

[Sylvain]

Partout il est dit que le pomelo (paradisi) a été découvert récemment aux Antilles (je crois).

[alias]

Je suis d'accord avec toi, j'ai vu le même article.
Mais l'article sur les agrumes disparus qui date, ne faisait pas la différence entre les 2.
Le citron serait née d'un croisement entre l'agrume disparu et un cedrat.

Au debut: il existait 5 agrumes:

- cedrat
- "pamplemousse"
- papeda *
- mandarine
- agrume disparu¤

¤ Dans les info obtenues: son plus proche parent serait le citrus taiwanica.
" il parle de pomelo mais il doit s'agir de pamplemousse.
* le papeda qui a été le géniteur des autres papedas.

A partir de la, il y avait un diagramme qui donnait toutes les nouvelles variétés.

[Sylvain]

Un élément de réponse, pas facile à lire:
http://books.google.fr/books?id=0wqXFXr ... t#PPA89,M1

À partir de la page 89.

[alias]

Dommage qu'ils ont pas étudié et pris l'ichang papeda comme espèce de base.
Ils ont pris que 3 agrumes originels.

[clems]

voici la phylogenie maternelle dont j'avais parlé

[Sylvain]

C. hystrix et C.ichangensis sont très séparés sur ce diagramme. Est-ce que la famille papeda a un sens réel?

[jm]

Ils sont éloignés par la lignée maternelle, pas forcément par la paternelle.
Si je comprends bien : tu prends 2 mères différentes et tu croise les deux et leurs descendants toujours avec le même pollen, tu obtiendras des plantes pratiquement identiques avec un adn des chloroplastes différent.

L'intéret que je vois à ce schéma c'est de montrer quelles sont les mères à l'origine donc de quoi était constituée la population d'agrumes originelle.

[gaia-project]

Pour ma part j'ai toujours trouvé ces arbres phylogénétiques flous...on y vois pas les liens directe, juste des rapprochements génétiques, les parents ne sont pas bien indiqués, enfin je ne suis peut être pas doué pour comprendre ce genre de shema.

Et puis je croyais que Citrus celebica était trés proche de l'agrume originel...

[clems]

Tout comme je ne suis pas le fils de mon frère, les agrumes originels n'existent plus...
par exemple, si on considère que le pamplemouse n'est pas un hybrids et que les oranges le sont, on ne peut pas vraiment dire que le pamplemouse soit l'ancêtre de l'orange... même si le pamplemouse a plus de chance de lui ressembler, ce n'est plus la même plante qu'il y a quelque milliers d'année. Il pouvait aussi ressembler au Khasi papeda (qui finalement ressemble pas mal à un oranger amer...)
Pareil pour l'ichang papeda et les mandarine. Leur grand mêre ressemblait-elle a un ichang ou à une mandarine?

[Sylvain]

Ce flou vient du fait que les américain ont imposé il y a une trentaine d'année la méthode cladique du classement contre la méthode philogénétique que défendait les européens.
La méthode philogénétique essayait d'être chronologique, dichotomique et linéaire. En résumé, on cherchais les parents probables à deux lignées proche et on remontait dans le temps. Le choix était fait sur des critères "profonds" (peu variables) qui ont été testés depuis Linné.
La méthode cladique ne détermine que des "proximités". Elle n'implique rien de chronologique et ne détermine pas qui précédait qui. De plus sont pris en compte une foultitude de critères très superficiels et changeants. La théorie américaine est que ce n'est pas à l'homme de déterminer les critères pertinents puis que le logiciel s'en charge... D'où des décennies de perdues en taxonomie.
Heureusement, la génétique moléculaire est venu à l'aide.
Et quand on regarde le lien que j'ai donné précédemment on est étonné de l'exactitude des classements classique faits par Tanaka et d'autres qui correspondent exactement à ce que découvre la génétique moléculaire.

[jm]

Et quand on regarde le lien que j'ai donné précédemment on est étonné de l'exactitude des classements classique faits par Tanaka et d'autres qui correspondent exactement à ce que découvre la génétique moléculaire.

On est encore plus étonné de l'intuition de Linné !

[alias]

Je ne sais pas si ce diagramme est juste. Je suis quand même septique au niveau des papedas et du poncirus.
car le poncirus n'est pas un citrus comme d'ailleur les fortunella.
Dans le même lot, il manque les clymenia, atalantia...

Je pense que ce diagramme est totalement faux au niveau de la classification .
Par contre, il nous indique une chose importante : sur les geniteurs.
soit le plan male ou soit le plan femelle a servi a donner ce qui suit.

Je m'explique prenons le citrus ichangensis et le citrus hystix:

ils sont issu d'un agrume originel appelé 31.
Le citrus ichangensis est presque pur , par contre l'hystix a été croisé avec une lime acide.

Par contre tout les 2 ont l'expression du gène " papeda" qui est dominant avec autres choses.

autres choses: il mette l'orange d'un coté et la bigarade de l'autre ( citrus aurantium)

Hors l'orange douce est une mutation de bigarade.
Le citrus limon est un descendant du medica alors que la c'est sont plus lointain cousin.

il dise de plus que le plus proche parent du poncirus serait la lime mexicaine, n'importe quoi.

Bref, oublions cet article.
De quand date t il?

[clems]

Il date de 2000.

je reconnais que la position de Poncirus est un peu troublante mais je pense que ichangensis est bien plus proche des mandarines que des autre papeda:
-il est rustique
-ses fleurs sont solitaire (comme tachibana)
-il a peu de segments (<10)
-il semble facile à peler

le fait qu'ils aient un gôut étrange n'interesse que les humain

En conclusion, perso je considere ichang papeda comme un proche parent de la mandarine (contrairement au Khasi papeda)

[gaia-project]

Très intéressant ce post.
Je m'étais fait la réflexion il a peu que certains agrumes devaient être proches, même si considérés comme éloigner sur le papier.
J'ai observé les pétioles de certaines espèces (selon Tanaka) et quelques uns ont de grandes ailes sur leur pétiole, comme Citrus hassaku, intermedia. Ne se pourrait-il pas que ces agrumes aient un lien avec les papedas (possédant un pétiole très ailé, voir une feuille bilobée)? De même, ne pourrait-on pas rapprocher Poncirus trifoliata (Citrus trifoliata pour les "anciens") des papedas, car certain sujets possèdent des pétioles bien ailé, ce qui pourrait peut être justifier la rusticité de certains papedas?

Je suit conscient que ce que je viens de dire risque de faire grincer les dents de certains, mais il est vrai que ces questions m'ont traversés l'esprit. Et puis beaucoup de découverte scientifiques sont partis de suppositions abracadabrantes.

[jm]

D'après ce que je comprends, cette classification est basée sur l'ADN des chloroplastes qui n'est pas l'ADN qui exprime les caractères de l'individu et qui n'est jamais recombiné. Il se peut que les mères au départ étaient très différentes mais les pollens peuvent avoir été les mêmes pendant plusieurs générations : les espèces peuvent être très proches alors génétiquement avec un ADN des chloroplastes très différent (donc être très éloignés sur ce schéma bien que proches parents).
Donc cet arbre peut ne pas être faux, mais il ne répond pas à ce que nous on attend, à savoir comment ont été générées nos variétés.
Me trompe-je ?

Citrus sinensis est uns simple mutation de citrus aurantium ? je croyais que c'était très différent.
J'ai lu quelque part que le pomelo (c. paradisi) pouvait être un hybride naturel entre l'orange et le pamplemousse (c. grandis) ou une simple mutation de citrus grandis. La question ne serait pas tranchée.

Bref, on n'est pas sortis de l'auberge ! ... et des posts passionnants à l'avenir !

[alias]

Je suis d'accord sur 1 fait: papeda et mandarine sont tres proches.
Le papeda khasi sent le yuzu (ichangensis austera= ichang papeda x mandarine cleopatre) et a un gout de pomelo.

Pour le pomelo, c'est un hybride de pamplemousse et peut être avec une orange.
L'orange est un hybride de bigarade.
Le citron est un hybride de cédrat.


et pendant qu'on y est la lime de rangpur c'est quoi car elle resiste a -10°c.

[alias]

Dans le tachibana , il y a du papeda originel ca c'est sur mais ce n'est pas tout: le taiwanica, natsudaidai (pomelo asiatique R-12°c: j'ai eu la chance de gouter un fruit c'est excellent). En clair, beaucoup d'agrumes asiatiques ont du papeda.

La forme la plus proche du papeda originel serait le papeda des celebes: papeda celebica.
Le taiwanica étant un hybride entre le papeda disparu et la bigarade originelle.

Le patrimoine génétique des agrumes est totalement instables et surtout recombinant. cela donne du n'importe quoi.
c'est pour cela qu'il y a autant de nom latin pour les mandarines.
Et les satsuma dans l'histoire, elles sont où?

On sait que le gène de résistance au froid du poncirus est dominant, donc les limes mexicaines qui sont ses plus proches parents devraient être résistante au froid mais non en fait!!!

Dire que le combava et la lime mexicaine sont de très proche parent je suis d'accord mais le combava est croisé en plus avec un papeda mais lequel?
Dire que le micrantha serait l'oncle du combava la c'est pas trop possible c'est plutôt un hybride naturel ( mutation spontanée au cours de l'évolution).
Le micrantha et le combava sont 2 produits identiques a l'exception que le micrantha a les fruits et les feuilles plus petits ( 10 et 3 fois respectivement)

[clems]

Bonjour, je viens de relire une synthese faite sur la génétique des Citrus en 2001:

-C. aurantifolia serait un hybride de C. micrantha X C. medica
-C. aurantium et C. sinensis: C. grandis X C. reticulata mais avec des origines distinctes et pas forcément la même mandarine
-C. grandis ne serais pas un hybride
-C. limon: C. aurantium X C. medica, mais ca ne concerne pas forcément tous les citron (Meyer...)
-C. paradisii est un hybride C. grandis X C. sinensis
-C. medica ne serais pas un hybride
-C. reticulata est un groupe homogene mais très diversifié contenant sans doute plusieurs espèce qui se sont hybridées.

donc, à l'origine des principaux agrume, il y aurait
-C. medica
-C. grandis
-C. micrantha
-C. reticulata correspondant à plusieurs espèces

je pense qu'on peut ajouter C. ichangensis proche des mandarines, C. latipes proche de C. grandis et divers papeda tropicaux à petite fleurs.

[jm]

Dans le tachibana , il y a du papeda originel ca c'est sur mais ce n'est pas tout: le taiwanica, natsudaidai (pomelo asiatique R-12°c: j'ai eu la chance de gouter un fruit c'est excellent). En clair, beaucoup d'agrumes asiatiques ont du papeda.

La forme la plus proche du papeda originel serait le papeda des celebes: papeda celebica.
Le taiwanica étant un hybride entre le papeda disparu et la bigarade originelle.

Le patrimoine génétique des agrumes est totalement instables et surtout recombinant. cela donne du n'importe quoi.
c'est pour cela qu'il y a autant de nom latin pour les mandarines.
Et les satsuma dans l'histoire, elles sont où?

On sait que le gène de résistance au froid du poncirus est dominant, donc les limes mexicaines qui sont ses plus proches parents devraient être résistante au froid mais non en fait!!!

Dire que le combava et la lime mexicaine sont de très proche parent je suis d'accord mais le combava est croisé en plus avec un papeda mais lequel?
Dire que le micrantha serait l'oncle du combava la c'est pas trop possible c'est plutôt un hybride naturel ( mutation spontanée au cours de l'évolution).
Le micrantha et le combava sont 2 produits identiques a l'exception que le micrantha a les fruits et les feuilles plus petits ( 10 et 3 fois respectivement)

Si on comparait le patrimoine génétique codant recombiné à chaque génération, on obtiendrait un arbre phylogénique très différent et plus conforme à ce que tu évoques Alias. L'arbre de Clems est trompeur : il compare les lignées de mère en fille sans tenir aucun compte des pères puisque cet ADN des chloroplastes n'est pas recombiné. Donc il compare les patrimoines des arrières arrières ... arrières grands-mères qui ont peut être vécu il y a des milliers d'années. Si je comprends bien, il sert à déterminer le nombre d'espèces mères qui sont intervenues dans la création des variétés actuelles (et pas quelle est la parenté des variétés actuelles entre elles).
Pour ma part je préfèrerais un arbre qui compare les patrimoines génétiques classiques (s'il existe) pour classer les variétés que je connais les unes par rapport aux autres (ça risque de ressembler à une pelote de ficelle négligée...). J'en ai jamais vu de suffisament complet.

[gaia-project]

Oui moi aussi je suis plus partisan d'un arbre "évolutif", je pense que ce serait plus parlant de pouvoir en effet comparer les espèces "connues" entre elles et pouvoir comprendre le liens de parenté.

Personne n'a réagit sur ce que j'ai dis un peu avant...trop ridicule? Trop avant-gardiste?