Il y a deux sortes de germinations donc deux sortes de cotylédons selon les espèces (surtout selon la grosseur des graines) :
La germination épigée pour les graines légères : la graine est soulevée lors de la germination et les cotylédons apparaissent sous forme
de feuilles et les vraies feuilles apparaissent ensuite (3ème feuille et plus)
La germination hypogée pour les graines lourdes : la graine reste au sol et les cotylédons sont constitués de ce qu'on pourrait appeler "l'amande" de la graine. Les cotylédons ont l'aspect de portion de graines. Les feuilles sont toujours des vraies feuilles.
http://fr.wikipedia.org/wiki/Germination
Les agrumes ont une germination hypogée, donc si tu n'as que des feuilles sur ta plantule, c'est que tu n'as plus de cotylédon et ta plantule n'est pas viable. Comme ce sont des "dicotylédones", tu dois avoir 2 portions de graine à la base de ton plant. Pour compliquer la chose, tu es dans un cas très particulier de polyembryonnie et tu peux avoir un cotylédon complet et un cotylédon atrophié à chacune de tes plantules.
Normalement tu dois trouver des photos sur le forum, je crois me rappeler que c'est Sylvain qui les a faites.